Набор для выделения ДНК из биологического материала
Набор для выделения ДНК из биологического материала.
- Набор предназначен для выделения ДНК из биоматериалов: слюна, кровь, соскобы, осадок мочи, ткани.
Предлагаемый нами набор для выделения ДНК из биоматериала основан на способности сорбента (SiO2) абсорбировать ДНК на своей поверхности. В отличие от других аналогичных наборов, мы используем специально обработанные частицы сорбента (SiO2), обладающие в 1.5 раза большими абсорбционными свойствами, чем стандартные. Предлагается сокращенный вариант протокола выделения ДНК.
- Принципы выделения ДНК
Пробирку с биоматериалом центрифугируют, вносят лизирующий/связывающий буфер и сорбент (SiO2). Химические компоненты лизирующего/ связывающего буфера разрушают оболочки клеток и создают условия для связывания ДНК с частицами сорбента. После отмывки сорбент/ДНК-комплекса от химических компонентов лизирующего/ связывающего буфера образец высушивается и в него вносят элюирующий буфер. Полученная ДНК имеет высокую степень очистки и пригодна для дальнейшего применения в ПЦР.
- Состав набора.
Набор содержит компоненты, необходимые для транспортировки и выделения ДНК из 100 образцов исследуемого материала.
Набор для выделения ДНК.
Реагент |
100 тестов |
|
Объем ml |
Количество |
|
Лизирующий/ связывающий раствор (LB) |
30 |
1 |
Отмывочный раствор (WB) |
100 |
1 |
Сорбент (SB) |
1.5 |
2 |
ДНК элюирующий раствор (EB) |
5.0 |
2 |
Набор хранится при температуре +18 +25 °C.
- Необходимое оборудование.
· Вакуумный аспиратор для удаления супернатанта.
· Пипетки и наконечники (5-10 ul, 10-200 ul, 100-1000 ul).
· Настольная центрифуга с ротором для пробирок на 2 ml (RPM max. 16,000).
· Миксер-вортекс.
· Вытяжной шкаф.
· Твердотельный термостат (25-100°C).
· Холодильник 2–8°C.
· Контейнер для использованных наконечников.
- Выделение ДНК.
Если набор хранился при темп. +2-8°С, то в контейнере, содержащем лизирующий/связывающий раствор или в транспортном растворе, возможно выпадение кристаллического осадка. Чтобы растворить осадок необходимо поместить контейнер в горячую воду (60–65 °С) на несколько минут до полного растворения кристаллов. Для дальнейшего применения набор можно хранить при комнатной температуре.
5.1. Протокол выделения ДНК
Шаг 1. Пронумеровать пробирки (1.5 ml), содержащие биоматериал: 100-200 мкл крови, соскоба, осадка мочи в 500 ul транспортной жидкости. Осадить пробирки с биопробами, чтобы избежать разбрызгивания при открывании пробирок.
Шаг 2. Извлечь из набора пробирку с сорбентом (SВ) и тщательно перемешать на вортексе. В каждую подписанную пробирку, не касаясь стенок пробирки, внести по 10 µl сорбента и 300 µl (LB) лизирующего/связывающего буфера.
a) Плотно закрыть крышки пробирок и перемешать их содержимое на вортексе в течение 5s. Повторите 2 раза.
b) Инкубировать пробирки при RT на 1-2 мин, затем слегка перемешать на вортексе. Повторить дважды.
На этом этапе происходит абсорбция ДНК на поверхности сорбента.
c) Поставить пробирки в центрифугу и осадить образцы при 12,000 об/мин. в течение 5 сек. Удалить надосадок аспиратором.
Шаг 3. Внесите 0.5ml отмывочного буфера (WB) в каждую пробирку. Перемешайте осадок на вортексе. Отцентрифугируйте пробирки на 12,000 об/мин в течение 30 сек. Осторожно уберите надосадок аспиратором, не касаясь сорбента.
Повторите шаг 3.
Подсушите пробирки с открытыми крышками на твердотельном термостате при температуре +58°C в течение 5-10 мин.
Шаг 4. Внесите в пробирки по 60 ul TE буфера. Перемешайте на вортексе до получения суспензии. Осадите образцы на центрифуге при 12,000 об/мин в течение 1 мин. Надосадок содержит очищенную ДНК.
ДНК следует хранить: при –2-8°C в течение 1 недели; при –16°C в течение 1 года.
- Транспортировка набора.
Набор для транспортировки и выделения ДНК может храниться при температуре +2–8 °C (без потери качества) от момента производства в течение 1 года и 2 месяца при температуре +18–25 °C.
Вопросы по выделению ДНК методом GuaSiO2.
Набор для выделения состоит из лизирующего раствора, сорбента, отмывочного раствора и элюирующего.
В состав лизирующего раствора входит гуанидин изотиоционат и сопутствующие компоненты разрушающие оболочки клеток (Triton X100, EDTA, Tween 20), а также реагенты стабилизирующие ДНК (Tris HCl ph 6.0).
Сорбент состоит из SiO2 (Sigma). Стандартные наборы для выделения ДНК применяют диатомовую землю, либо просто водную взвесь SiO2. Однако, чтобы максимально повысить связывающие свойства SiO2 необходимо, чтобы частицы сорбента имели определенный размер, дополнительный поверхностный заряд. Для этого мы отмываем и осаждаем сорбент, удаляя пока самые мелкие частицы, а затем самые крупные. Отобранную фракцию кипятим в концентрированной кислоте, отмываем несколько раз, рассчитываем суспензию и в дальнейшем расфасовываем в соответствие с протоколом к набору. Чтобы усилить связывающие свойства сорбента, мы используем специальный солевой раствор. Поэтому наш сорбент обладает повышенными ДНК абсорбирующими свойствами. Эффективность выделения ДНК составляет до 90%, в отличие от необработанного 70%, или кремнезема (диатомовой земли) (58%). Поэтому ДНК достаточно прочно облегает частицы SiO2, вызывая слипание сорбента. Слипание сорбента указывает, что он эффективно связался с ДНК. После отмывки и сушки ДНК/SiO2 комплекса, мы вносим элюирующий буфер, в состав которого входит раствор солей и EBR. Вода и соли попадают между молекулами ДНК и SiO2, меняют полярность сайтов связывания, освобождая ДНК в раствор. EBR встраивается в ДНК и на транс иллюминаторе придает раствору розоватое свечение.
Иногда вместо клинической пробы, у вас может оказаться просто транспортная жидкость. Вы можете убрать пробу из протокола, если в ней нет свечения, чтобы не тратить время и ПЦР реагенты.
Как проверить эффективность нашего набора с уже известным? Разделите клиническую пробу на две части. Выделите ДНК нашим набором и тем, которым вы уже пользуетесь. Возьмите 5 мкл, смешаете с буфером для загрузки, поставьте ЭФ в 1% геле. Сравните полосы по светимости через 5 мин. Убедитесь сами: наш сорбент работает лучше.